包括教育部／卫生部重点实验室分子病毒实验室、微生物和寄生虫教研室以及P3实验室
分子病毒实验室病原生物学国家重点学科的主体之一，固定研究人员: 1８人，其中院士1人、教授3人、副教授级２人、中级6人、初级６人
在读研究生４６人: 博士生２５人，硕士生２１人
研究重点：
病毒及细菌等病原微生物基因、致病性和机体防御机理的基础和应用基础研究
目标：
探索终止感染的途径，为有效地预防和治疗病毒和细菌性感染提出新思路和新方法。
在研课题：
973项目 3项、863项目5项、国家自然科学基金14项、教育部与上海市15项、国际合作项目５项，经费共约2000万元
代表性成果：
乙肝治疗性疫苗的研究（乙肝治疗性疫苗目前正在进行临床ＩＩb期试验，初步临床试验结果显示对乙肝患者有较好的治疗作用 ）、乙型 肝炎病毒基因的变异及其生物学意义、炎病毒与宿主细胞的相互作用、重要病原菌的基因及功能基因组学研究、ＳＡＲＳ的诊断和疫苗研究
近年获奖科研成果：
乙肝病毒抗原－抗体－重组质粒DNA复合物的组建及在治疗乙肝中的应用获教育部中国高校技术发明一等奖，现代医学微生物学获 全国优秀科技图书一等奖，乙型肝炎病毒致病相关基因的研究获上海市科技进步二等奖，乙型肝炎病毒复制性增强的机理研究获全国优秀博士学位论文，表皮葡萄球菌生物膜形成分子机制获教育部自然科学一等奖。
申报及授权专利(选登)：
1．抗原－抗体－重组DNA复合型疫苗。（美国发明专利：US 6,221,644 B1 国家发明专利号ZL971062919 )
2． 一种新型DNA疫苗载体（01105250．3）
3． 乙肝病毒多态性检测芯片的制作方法及其应用（00116875．4）
4． 乙肝病毒全基因组多聚酶嵌合体及其组建方法和应用（01105685．1)
本重点实验室开设的理论与实验课程：
医学分子病毒学、医学分子病毒学实验、现代医学微生物学、 医学微生物学前沿、 细胞微生物学，在已经获得学位的研究生中，1人获全国优秀博士学位论文，2人获上海市优秀博士学位论文
本实验室十分注重与国际之间广泛的合作和交流。
P3实验室概况
上海复旦大学三级生物安全防护实验室由复旦大学和上海市科委共同出资1000多万人民币兴建，位于复旦大学上海医学院西园8号楼的西侧一楼。建筑总面积～500 M2 ，其中BSL-3核心区～150 M2由三个功能区域组成： 2个普通BSL3实验间，1个动物BSL3实验间和1个BSL2准备间。非核心区包括机房及控制室，清洁洗涤及通道和常规实验室等辅助设施，以及办公和教学设施。
目前本实验室共有工作人员10名，其中在编人员5名，兼职人员5名。所有工作人员均有明确的分工和职责，共同完成实验室的各项管理、实验操作及设施设备的维护维修工作。实验室拥有多套保障生物安全，菌毒种保藏，细胞培养，动物实验和分子生物学实验的仪器设备，可开展多个与致病性微生物相关课题的研究。
承担生物安全相关的教学与培训是本实验室的工作内容之一。实验室具备良好的教学设备和空间进行讲解、观摩和操作演示。可为生物安全基础知识普及，生物实验室上岗前培训，高等级生物安全实验操作等不同层次人员提供教学服务。另外，新近开通的由卫生部和中科院研究生院完成的重点实验室网络协作平台为异地教学，实时监控提供了先进的教学手段。