本学科主要包括三个专业方向：分子生物学与基因工程育种、基因组学与分子育种、基因组资源开发与水产生物信息学。
专业方向一：分子生物学与基因工程育种
针对养殖鱼类重要经济性状，开展相关基因的克隆及机理研究；开展转基因鱼的食用和生态安全研究，推动转基因鱼产业化生产的进程。促进养殖鱼类育种水平的提高。
专业方向二：基因组学与分子育种
重点突破鉴定决定经济性状的基因及基因调控网络的技术障碍，并将性状-基因解析的结果用于水产动物的育种研究中，建立适于水产养殖动物的分子育种技术平台，解决产业遇到的种质衰退、病害频频发生的重大技术问题，建立分子水平的种质鉴定技术。
专业方向三：基因组资源开发与水产生物信息学
应用生物信息学的基本工具进行水产基因组资源的发掘和利用，不断开发出我国主导养殖品种的分子育种所需的基因资源和遗传育种工具促进我国水产养殖生物基因组学研究成果应用水平的提高，加快产业的良种化进程。