本学科主要包括两个专业方向：渔业生态环境评价与保护、水产品质量安全。
专业方向一：渔业生态环境评价与保护
针对黑龙江流域渔业重点水域生态环境进行监测与评价技术研究，建立和健全北方地区渔业生态环境保护监测技术；研究不同类型渔业生态环境修复技术，提出环境染污对渔业水域生态的影响及应对技术措施；研究确定合理养殖容量、建立环境友好的渔业生产技术和模式，形成完善的水域健康养殖和养殖容纳量评估技术体系。
专业方向二：水产品质量安全
以提高我国寒冷地区水产品质量安全为目标，从产地环境、生产投入品、良好操作规程、产品标准等诸方面，开展危害因子安全性及转归途径研究、水产品风险分析理论的应用研究、污染物危害机理与生态学过程研究、HACCP原理在水产品生产过程中的质量控制研究。建立北方区域捕捞、养殖、加工、流通各主要生产环节的水产品食用安全和质量保障技术。