黑龙江中医药大学中药学学科创建于1972年，1991年获药物化学硕士学位授予权，1998年获中药学一级学科硕士学位授予权，2000年获中药学一级学科博士学位授予权，2003年设立中药学博士后流动站。本学科于1993年被确定为黑龙江省省级重点学科，2001年和2006年以优异成绩连续被确定为省级重点学科，并于2006年被评为省优秀重点学科。2007年中药学学科被教育部确定为国家一级学科重点学科，同年，中药学学科研究生导师团队被授予省优秀研究生导师团队称号，以中药学科为牵头学科的中药创新药物研究学科群被评为省级重点学科群，2008年学科所属中药化学教学团队被确定为国家级教学团队。本学科带头人为匡海学教授。
在近四十年的建设历程中，经过几代人的共同努力，中药学科在人才培养、队伍建设、科学研究、服务社会等各项工作中都取得了显著的成绩，学科的综合实力明显提升，在教学及科研工作中取得的突出成绩受到了兄弟院校的瞩目，并且一些教学科研成果也被兄弟院校采用，已位于全国同类学科的前列。