吉林化工学院有机化学学科创建于1958年，初步形成有机化学教学与科研梯队，1978年组建有机化学教研室，2006年成为吉林化工学院重点建设学科。有机化学学科依托化学与制药工程学院，由吉林省普通高校化学实验教学示范中心、吉林省精细化工重点实验室、吉林省化工清洁生产技术重点实验室、分析测试中心等单位支撑，形成学科方向明确、结构合理、力量雄厚、设备先进、适合培养多层次高质量人才的教学科研基地。
有机化学学科的研究方向包括精细有机化学品的合成与应用研究、天然产物化学与应用研究。
精细有机化学品的合成与工艺研究方向：
（1）主要包括精细化学品合成的绿色新工艺、新技术研究；
（2）医药和中间体及功能助剂的合成与应用研究；
（3）精细有机化学品的分析、测试技术。
天然产物化学与应用研究方向：
（1）天然产物活性成分的提取、分离、纯化及筛选活性成分；
（2）功能性天然化合物的生物合成研究；
（3）采用化学法全合成或半合成天然产物中的活性成分。
有机化学学科现有教授11人，副教授7人，讲师6人，助教2人。其中吉林省普通高等学校教学名师1人，受聘吉林大学、东北师范大学硕士生导师5人。
近5年，以第一作者或通讯作者公开发表论文近百篇，被SCI或EI收录18篇，出版教材和著作4部，公开发明专利7项，获吉林省科技进步奖三等奖3项，吉林省自然科学学术成果奖二等奖1项和三等奖3项，参加国家自然科学基金2项，主持吉林省科技厅项目5项，吉林省教育厅项目10项，中油和中石化项目2项，学校项目等22项，科研经费300余万。
有机化学学科承担的本科生课程：“有机化学”、“有机合成化学” 、“有机化学实验”、“高等有机合成化学”等6门课程。有机化学课程2003年被评为吉林省省级优秀课程，2008年被评为吉林省省级精品课程，完成和开展多项国家和省级教学研究课题，获吉林省教育教学成果三等奖2项。
承担的研究生课程：“高等有机化学”、“有机合成化学”、“有机波谱化学”、“金属有机化学”、“有机合成实验”等5门课程。
目前在校培养研究生17人，有2人获得硕士学位。