系统工程硕士点于2000年底批准成立，自2001年开始招生，现在读研究生18人。主要研究方向是：系统评价与决策理论、大系统理论及应用，企业信息化及其系统工程。
| 一级学科名称 | 控制科学与工程 | 代码 | 0811 |
| 二级学科名称 | 系统工程 | 代码 | 081103 |
| 研究方向 | 主要内容介绍 | 学术带头人 | |
| 系统评价与决策理论、方法及应用 | 系统分析、建模、评价与决策的理论和方法，并探讨在工业、农业生产及经济中的应用 | 杨印生 | |
| 大系统理论及应用 | 大系统及复杂系统建模与仿真、结构分析、递阶及分散最优控制；基于人工智能的大系统及复杂系统的智能控制与故障诊断 | 张立 | |
| 企业信息化及其系统工程 | 基于计算机网络通信技术、数据管理技术、智能控制技术探讨企业信息工程的理论方法及应用 | 洪伟 | |