中国科学院沈阳应用生态研究所的前身是中国科学院林业土壤研究所，成立于1954年，由东北林业研究所筹备处、东北土壤研究所筹备处、中国科学院长春综合研究所农产化学研究室土壤微生物部分合并组成，是以林业、土壤、植物、微生物与环境科学为基础的生物学、地学研究所；1987年更改为现名。半个世纪来，本所积极投身于国民经济建设主战场，为国家林业和农业发展、生态环境保护和经济建设做出了重大贡献，共获得科技成果518项，其中：国家级科技奖30项，省、部级科技奖186项，出版专著297部，发表论文8100余篇，其中SCI收录论文1157篇，授权专利272项。下表是中国科学院沈阳应用生态研究所部分专业介绍：
| 中国科学院沈阳应用生态研究所 | |||
| 植物学 | 微生物 | 环境科学 | 生态学 |
| 土壤学 | 森林培育学 | ||