森林保护学是林学的主干学科之一，现已形成森林病害持续控制和资源微生物利用、森林害虫综合管理相对稳定的两个研究方向，研究森林病害生物学、森林病害流行学和森林病害综合管理的理论和技术；研究内蒙古地区主要树木害虫的成灾机制、发生与环境条件的关系及害虫综合治理技术；森林生态系统生物灾害发生规律，预防和防治对策，森林生态系统多功能、满足人类生存发展多需求的科学技术，构建人与自然的和谐发展、良性循环的生态环境系统。
森林病害持续控制和资源微生物利用：主要研究引起森林病害的原因，病原与寄主之间的相互关系，病害的发生发展及流行规律，病害控制的理论和技术，为森林资源保护提供技术支撑，为林业可持续发展发挥作用。
森林害虫综合管理：从种群生态学、群落生态学和生态系统生态学的角度，揭示我区主要树木害虫的发生规律及其成灾机制，研究和开发与环境相容的害虫综合治理技术。