依托“控制科学与工程”学科，进行研究生培养和科学研究。自动化系具有：
“控制科学与工程”一级学科硕士学位授予权；
“控制理论与控制工程”二级学科博士学位授予权；
“控制工程”专业硕士学位授予权（全日制）
“控制工程”专业硕士学位授予权（在职）
“控制科学与工程” 一级学科包含：控制理论与控制工程，模式识别与智能系统，检测技术与自动化装置，系统工程，导航与制导五个二级学科。
“控制理论与控制工程”以工程领域内的控制系统为主要对象，以数学方法和计算机技术为主要工具，研究各种控制策略及控制系统的建模、分析、综合、设计和实现的理论、技术和方法。
“检测技术与自动化装置”是研究被控对象的信息提取、转换、传递与处理的理论、方法和技术的一门学科。
“系统工程”是为了解决日益复杂的社会实践问题而形成的从整体出发合理组织、控制和管理各类系统的综合性的工程技术学科。
“模式识别与智能系统”主要研究信息的采集、处理与特征提取，模式识别与分析，人工智能以及智能系统的设计。