一、培养目标
本专业培养政治素质高，思想品德过硬，具有良好的职业道德和坚实的专业知识，能为我国的教育和科研事业服务的生物信息学专业的高级人才。具有系统、扎实的生物信息学理论基础，能够运用现代计算机技术从事本专业的理论研究和实际应用，熟练掌握一门外国语。毕业后可以独立从事本专业的理论研究、实际应用及教学工作，能够胜任高等院校、科研机构和其他单位的工作。
二、培养方式
培养方式采用课堂教学、讨论和科研训练等相结合的培养方式。
1．课程学习要求
专业课程以课堂讲授、主题研讨为主，考核方式可采用笔试或口试、闭卷或开卷、读书报告等多种方式。
2．实践和科研训练要求
鼓励本专业的硕士研究生积极参与院系和指导教师的科研项目和国内外学术交流，在导师的指导下，尽快进入有关课题的研究。
三、主要研究方向
1．生物信息学与机器学习方法；
2．生物信息学与现代数据处理技术；
3．生物体内的复杂系统；
4．生物信息学的部分应用。
四、科学研究及学位论文要求
硕士生在学期间，撰写学位论文是对其科研能力的全面训练，学位论文是衡量研究生综合能力和能否获得学位的重要依据。鼓励本专业硕士研究生毕业前在国内外重要学术期刊上发表学术论文，所取得的科研成果均要求研究生为第一作者（单位为南开大学数学科学学院）。
硕士生在撰写论文之前，必须经过认真的调查研究，查阅有关的资料，了解研究方向的历史、现状和发展趋势，在此基础上确定论文的题目，且在导师的指导下独立完成论文。硕士学位论文应在前人工作的基础上有所推广、深化或创新，有学术价值和实际意义，论文对所研究的课题要有新的见解。