药用植物研究所是我校药用植物学学科建设的主体单位，自其成立以来紧紧围绕药用植物学在药用植物资源的种类、分布、繁育、保护和可持续利用为研究内容和目标，逐步形成了药用植物资源创新方法研究、药用植物菌根生物学研究、药用植物遗传育种及分子调控、药用植物亲缘学以及药用植物的质量评价和控制等几大研究方向，并培养了一支在药用植物学科研究方面的优势人才队伍，保证了药用植物学学科的稳定发展。
我校现有2个国家重点学科一级学科（生物学、药学）、8个国家重点学科二级学科（免疫学、病理学与病理生理学、内科学、皮肤病与性病学、影像医学与核医学、妇产科学、肿瘤学、麻醉学）、2个国家重点学科三级学科（外科学-骨外、外科学-胸心外），1个国家重点培育学科（外科学-普外）。1个北京市重点学科一级学科（基础医学），3个北京市重点学科二级学科（护理学、眼科学、流行病与卫生统计学），1个北京市重点学科三级学科（外科学-普外）。药用植物学是我校目前唯一的国家中医药管理局重点学科。