六一三所招收的硕士研究生均为公费定向培养，研究生毕业后需留所工作满5年。本所新录取的研究生，统一报到后进行入所教育。第一年基础课阶段送高校培养，第二年回所进行课题研究。第五学期末进行学位论文答辩。研究生基础课学习阶段每月有不低于千元生活补贴；学位课题阶段另发放课题补贴；研究生学习期间享受六一三所各种补贴和奖学金；此外，每学年并可享受假期探亲一次，报销往返车船费。