中国科学技术大学研究生基本全公费,每年的平均公费比例在90%左右(不包括专业学位硕士).2006年，地球和空间科学学院、生命科学学院以及合肥微尺度物质科学国家实验室的公费率都是100%；理学院、工程学院、化学与材料科学学院以及国家同步辐射实验室的公费率也都超过了95%；比较热门的信息学院以及管理学院的公费率也分别达到了87.1%和73.1%。这一公费率在全国所有一流高校中遥遥领先。尤值一提的是,所有公费生的住宿费也都是全免的。