按照国家规定，从2014年秋季学期起，依据“新生新办法、老生老办法”的原则，全面实行研究生教育收费制度。2014年秋季学期前入学、并已按规定实行收费政策的硕士生(含学术型和专业学位两类)，仍执行现行学费标准。2014年秋季学期起入学的硕士生，将实行新的学费制度和奖助学金制度。从明年秋季学期起，研究生普通奖学金将调整为研究生“国家助学金”，博士生的标准为每生每年不低于1万元，硕士生的标准为每生每年不低于6000元。国家同时设立研究生“学业奖学金”。
南京医科大学2014年招收的硕士研究生，采取弹性学制，学习年限为3-5年(自入学到获得学位的年限)。
依据国家有关文件规定，2014年起研究生须按学年缴纳学费。硕士研究生学费标准为每学年每人8000元′3年。2014年将设置各类奖助学金，细则请关注2014年研究生院网站公布的信息。