中国科学院南海海洋研究所成立于1959年1月，是中科院创新序列单位、我国规模最大的综合性海洋研究机构之一。现有事业编制418人，研究员59人，博士导师59人。设有海洋科学博士后流动站，海洋生物学、物理海洋学、海洋地质、海洋化学和环境科学5个博士学位授予点和6个硕士学位授予点。此外，根据双边协议，研究所与国外多家机构合作培养博士研究生。
重点研究领域为热带海洋环境动力与生态过程、边缘海地质演化与油气资源、热带海洋生物资源可持续利用和中尺度海洋环境观测关键技术。设有中科院热带海洋环境动力学重点实验室、中科院边缘海地质重点实验室、中科院海洋生物资源可持续利用重点实验室、广东省海洋生物学重点实验室及广东省海洋药物重点实验室等5个重点实验室和中尺度海洋环境观测技术联合实验室；以及海洋科技产品开发中心、海洋工程环境中心、信息中心和海洋生物标本馆。4个野外台站：海南热带海洋生物实验站（国家野外科学观测试验站和中国生态系统网络研究站，三亚）、大亚湾海洋生物综合实验站（国家野外科学观测试验站和中国生态系统网络研究重点站，深圳）、湛江海洋经济动物实验站、汕头海洋植物实验站。拥有“实验2号”、“实验3号”两艘大型海洋科学考察船和正在建造一艘新型小水线面双体综合科学考察船，以及各类大型仪器设备。
目前，在学研究生262人，其中博士125人，硕士137人。拥有一栋研究生公寓，生活条件和科研、学习环境优越；助学金按国家标准发放，待遇优厚；在参加导师课题期间还可申请研究助理岗位，享受相关津贴。
2009年我所将以导师挂靠的方式为中国科学院烟台海岸带可持续发展研究所（筹）代招研究生，该所是中国科学院与山东省、烟台市共建资源环境与高技术交叉领域的正在建设中的研究所，在海岸带资源化学与化工技术、海岸带环境与生态过程与技术、海岸带信息集成与海岸带综合管理等学科领域方向开展相关科学研究。详情请参见该所网站www.yic.ac.cn。
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