药学院前身中药系始建于1973年，1989年更名为药学系，2008年更名为药学院。现有中药学、制药工程、药物制剂、市场营销4个本科专业；中药制药技术、药品经营与管理2个高职专业，其中，中药学专业2003年被陕西省人民政府命名为陕西省名牌专业。设有中药学1个一级学科硕士点，涵盖中药学、中药药理、中药药剂、中药鉴定、中药炮制、中药化学等6个二级学科17个硕士研究生招生方向。
该院师资力量雄厚，现有教工85人，其中正高职称15人，副高职称24人，中级职称26人，初级职称20人。师资队伍中博士16人，在读博士4人。学科门类齐全，具有“中药药理学”、“临床中药学”2个国家中医药管理局重点学科，“中药制药学”1个省级重点学科，“中药化学”、“生药学”为校级重点学科。“中药学”为省级精品课程，“中药药理学”、“中药化学”2个校级精品课程。学科科研基地有陕西中医学院药物研究所、陕西省中药饮片技术工程研究中心、陕西省中药基础与新药研究重点实验室、陕西省秦岭中草药应用开发工程技术研究中心（陕西省科技厅“13115”科技创新工程技术研究中心）、国家中管局三级实验室等。
该院下设17个二级机构，包括中药教研室、药理教研室、生药教研室、中药化学教研室、中药药剂教研室、中药炮制教研室、化学教研室、制药工程教研室、药品经营与管理教研室、分析测试实验中心、生药实验中心、药理实验中心、制药工程实验中心、中心仪器室、中药标本馆、国家药品临床研究基地II期测试实验中心、药学院党政办公室。
“三十年磨一剑”，药学院将一如既往，苦练内功，锐意进取，力争为杏苑添彩，为岐黄争光。