生物医学工程作为一门独立的学科是从20世纪50年代以来，随着电子学、材料学、信息科学和电子计算机等多种学科的进步并广泛应用于医学和生物学领域而逐渐形成和发展的。世界性的“国际医学和生物学工程联合会”（IFMBE）于1965年成立，中国的生物医学工程学科于1978年由国家科委正式确立，目前全国已有近四十多所高校建立有该专业。
第四军医大学生物医学工程系（1999年起，又称生物医学工程研究所）成立于1986年，初名为医学电子工程系，1993年更名为生物医学工程系。1989年获准生物医学工程专业硕士授予权。1987年与医学学科结合招收生物医学工程方面的博士研究生，1998年被批准为博士学位授权学科，1999年开始招收项目博士后研究人员，2001年建立全军医学工程重点实验室。本学科肩负着教学、科研双重任务，在人才培养上，主要为我军医疗设备的管理、维修、卫生装备的研制、开发等，培养本科、硕士、博士层次的具有较深厚现代电子工程技术基础理论和一定的医学科学知识的生物医学工程高级工程技术人材；在科学研究上，以“军事医学中的生物医学工程问题”为主要研究方向，研究涉及到医学信息检测及处理、军事医学电子工程、医学图象及成像设备与技术、生物医用材料、军事卫生装备及医疗仪器的开发和研制等领域。