2001年4月经教育部批准由原西安公路交通大学、西安工程学院、西北建筑公程学院合并组建为长安大学。长安大学直属教育部，是国家211工程建设的重点大学之一。具有48年建系历史的水资源与环境工程系，是在2001年1月长安大学的院、系重组中，被保留校直属建制的两个系之一，其前身是原西安地质学院水文地质与工程地质系。1982年批准为硕士学位授权点；1984年批准为博士学位授权点；1994年被原地矿部批准为高等学校重点学科点。2000年1月因学科调整，在原水文地质与工程地质系基础上组建了水资源与环境工程系。
水资源与环境工程系现有一个博士点，两个硕士点，三个本科专业。全系教授、副教授12人，博士生导师3人。专业仪器设备总价值近300万元，实验室面积1300平方米。近年来，水环系致力于“西部大开发中水资源与生态环境问题”的研究，承担并完成国土资源大调查、水文水资源、生态环境等领域国家级、省部级重点科研项目38项，其中获国家级、省部级奖19项。目前承担着“中国西部地区山川秀美科技行动计划基础调查及战略研究”、“西安市供水水资源优化调配研究”、“西北地区资源——环境演化与合理开发利用研究”、国家“973”等大中型科研项目20与项。其中国家级10项，项目总经费500余万元。出版专著及教材20余部，在国内外刊物上发表论文500余篇。