理学院是2006年6月新成立的一个学院。他的前身是1934年国立西北农林专科学校成立时的数学、化学、物理教学组，历经七十多年的教学改革和发展，先后组建成立了基础课部、基础科学系和生命科学学院，除了承担全校有关基础课外，还设立了自己的专业、学位点和研究中心。
理学院是我校以理学为主的主要承担基础研究、应用基础研究和基础教学的学院。现有教职员工178人，其中专任教师142人，教授25人，副教授32人。教育部新世纪优秀人才4人，陕西省教学名师1人。
学院目前设有应用数学、应用化学和应用物理3个系，数学模型与数据分析研究中心、天然药物化学研究中心、污染控制研究中心等3个校级研究中心和省级化学实验教学示范中心1个，物理气象和化学等2个校级实验教学中心。生物物理学和化学生物学等2个博士学位授权点，生物物理学、化学生物学、应用化学和应用数学等4个硕士学位授权点。应用化学和信息与计算科学2个本科专业，在校学生820人，其中博士硕士研究生237人，本科生583人。
学院不仅承担信息与计算科学、应用化学等本院专业课程的教学，而且承担全校本科生和研究生的数学、化学、物理和气象等40门基础课程的理论教学和实验教学，每年承担各类教学和实验工作量5万余学时，共有各类教学实验室52个，实验室总资产800余万元。
近三年共承担课题32项，主持国家自然基金6项，科研到位经费463万，发表科研论文231篇，其中三大检索系统收录54篇。出版教材39本部，国家“十一五”规划教材24部，2部教材获全国高等农业院校优秀教材奖，1部教材获省级优秀教材一等奖。获2008年全国数学建模竞赛甲组全国二等奖1项，甲组陕西一等奖1项，甲组陕西二等奖2项。获2009年美国大学生数学建模竞赛二等奖3项，三等奖1项。与英国罗伯特戈登大学、美国新墨西哥州立大学和加拿大西安大略大学签订研究生联合培养协议，与加拿大科学院生物技术研究所签订合作协议。
学院坚持教学立院、科研强院的发展思路，不断更新办学理念，紧紧抓住人才培养质量的的龙头，完善人才培养方案，狠抓教风学风，加强学科的交叉和融合，科研工作取得长足发展，各项工作呈现出良好的发展态势，学院整体发展上了一个新台阶，2007年获得学校科研工作先进单位称号，2008年被评为学校教学工作先进单位和就业管理先进单位，办学实力和影响力不断扩大。