西北工业大学自动化学院的渊源可以上溯至上世纪50年代。1959年西北工业大学成立九系，设立了飞行器仪表传感器、航空陀螺仪设计、光学仪器与制导、航空微电机设计、自动驾驶仪等专业。1953年的哈尔滨军事工程学院空军工程系设立飞机自动驾驶仪、飞机电器设备、航空火控及瞄准具等专业，1970年迁并于西北工业大学九系。2003年建立自动化学院（九院）。自动化学院始终坚持人才培养和科学研究两个中心，在五十余年的发展历程中，以教学质量为生命线，累计向国家培养输送了8000余名毕业生，其中不乏两院院士、省部级领导、企业界精英和海内外知名学者。
学院基本形成了控制科学与工程、电气工程、交通运输工程、仪器科学与技术为特色优势学科，生物医学工程、计算机科学与技术、机械工程等多学科协调发展的学科体系。2001年控制理论及应用学科获国家重点学科，得到“211工程”和“985工程”的投资建设，成为学校重要的人才培养和科技创新的平台。控制科学与工程2002年和2007年两次国家一级学科评估排名分别列第5位和第7位。
学院累计承担各类重要科研项目500余项，获得国家科技奖5项、国家教学奖1项、省部级奖近50项、重点型号立功16人次、国家发明专利50余项，累计发表重要学术论文2000多篇，出版专著教材近100部。“九·五”以来，累计获得国家投资6000多万元，建设了一批高水平的科技创新平台。
学院形成了一支水平高，年龄结构与职称比例合理的师资队伍。现有教师137人，其中，教授51人，副教授49人。担任各种国内外学术团体常务理事以上职务、重要学术会议主席副主席、学术刊物编委等约17人。海外引进教授、副教授3人，留学回国30余人。累计100多人次赴美国、英国、俄罗斯、德国、法国、香港等地访问交流。聘请30余名海外著名学者专家来学院访问交流。
“十二五”期间，学院将坚持“突出空天行业优势，坚持服务国防特色，提升学科学术水平”的“三并重”原则，加强“高标准平台建设、高集成科研项目、高水平科技成果”的“三高”科技创新建设，重点实施“一个确保，两个重点，三个举措”的“123工程”，尽快实现国内一流、国际知名、高水平研究型学院的发展目标。