云南大学自然科学研究院成立于2005年12月，目前下辖亚洲国际河流中心。该中心于2000年成立，是我国第一个聚焦国际河流研究的非赢利性的学术机构，针对中国及亚洲大陆国际河流为主体的跨境资源环境和生态安全问题进行理论与应用研究、信息开发、学科建设和人才培养。中心主任为何大明教授， “973”计划项目首席科学家。
中心承担了包括国家“973”计划项目等50余项，出版专著30多部，发表论文300多篇，研究报告近100份，获得省部级科技进步奖10多项。拥有“跨境生态安全”博、硕士学位点，已培养研究生近30人，形成了国际河流、跨境水资源和跨境生态安全等特色研究领域，在国内外具有一定的影响力和知名度。