新乡医学院基础医学院成立于2002年8月，其前身是始建于1972年的基础医学部，历经40年的风风雨雨，在实践中不断发展壮大。学院现负责管理和培养临床医学专业 、麻醉专业、影像专业和法医专业学生近4000名。拥有基础医学一级硕士学位授予权及病理学、生理学、解剖和组织胚胎学、生物化学、免疫学、法医学等二级硕士学位授权点7个，是校本部最大的教学和科研单位，多次被评为省、市先进单位，是中国高等医学教育学会基础医学教育分会理事单位。
在长期教学和科研实践中造就了一支职称、年龄、学历和学缘结构比较合理的师资队伍。现有教职工303人，硕博士比例占79.1%，其中教授30人，博士31人，硕士研究生导师33人；享受政府特殊津贴专家3人，全国优秀教师3人，省管专家4人，省跨世纪学术带头人5人，省级教学名师1人，省优秀教师5人；省科技创新杰出青年基金获得者2人，省“555”人才工程1人。
学院现有14个教研室（人体解剖学、组织学与胚胎学、微生物学、寄生虫学、生理学与神经生物学、病理解剖学、病理生理学、免疫学、生物化学与分子生物学、化学、计算机、法医病理学、法医临床学、法医物证学）、6个综合性教学实验室（人体解剖学、机能学、分析测试、形态学、计算机中心、法医学）和党总支办公室、行政办公室、科教科、团总支4个管理机构以及17个教工党支部、9个学生党支部。
学院拥有人体解剖学与组织胚胎学、病理学与病理生理学2个省级重点学科，免疫学和生物化学与分子生物学2个省医学重点学科；建设有河南省医用组织再生重点实验室、肿瘤逆转分子生物学高校重点学科开放实验室和新乡市分子医学重点实验室，形成了组织再生、肿瘤发生发展分子学机制、肿瘤逆转分子生物学以及疾病易感基因的筛选、克隆和调控等特色鲜明的研究团队，其中肿瘤逆转分子生物学团队为河南省高校科技创新团队。2011年获得国家自然科学基金项目2项、省科技厅项目10项、国家和省级重点实验室开放课题6项，省教育厅、卫生厅项目6项、国家自然科学基金扶持项目11项、校重点研究领域2011年招标课题21项，横向合作项目首次实现零的突破，争取到各类经费315.53万元；完成省级成果鉴定14项、课题结项2项，厅级以上科研成果奖8项、其中省部级科学技术进步奖二等奖2项，省优秀论文奖20项。发表论文167篇，其中SCI 18篇、EI 1篇、核心期刊96篇；获国家发明专利5项。学院分别与国内著名高校以及美国国立癌症研究所、美国伊利诺大学芝加哥分校、美国西北大学、芝加哥大学、美国霍普金斯大学、美国德克萨斯大学、美国密执根大学、德国耶拿大学，以及日本、澳大利亚和韩国等等国外多所高校建立了良好的合作关系。
学院现有国家级特色专业——临床医学，省级特色专业——法医学；2012年4月临床医学专业被评为国家级专业综合改革试点；学院有省级精品课程7门（组织学与胚胎学、神经生物学、医用化学、人体解剖学、生理学、病理学、医学免疫学），省级优秀教学团队1个，省级实验教学示范中心1个，校级精品课程14门，校级优秀教学团队2个，校级实验教学示范中心2个，校级网络示范课程10门。2009年以来共承担省校级等教学改革研究项目59项，获省级教学成果奖8项，省级教育技术成果奖和多媒体课件奖48项。主编、副主编国家级规划教材23部。深化4年制非临床医学类专业基础医学课程教学改革，主编出版《基础医学概要》系列教材。2012年5月我院被学校评为首批“教研型”院系。
学院不断完善各项教学管理制度，建立了预试讲、课程交接、调（停）课审批、命题、试题保密、试卷印刷和实习基地建设等制度或规定。落实领导深入教学一线、教学工作例会、教学检查、教学督导、学生评教、教师评学、教师授课质量评价和教学信息反馈等一系列教学质量监控制度，为不断提高教学质量奠定基础。