山东体育学院基础理论系源于1960年成立的山东体育学院基础理论课室。随着山东体育学院的发展，1985年6月更名为山东体育学院基础理论课部。2001年更名为基础理论系。
基础理论系现有五个专业招生：2003年开始招收运动人体科学专业学生、2005年开始招收英语（体育）专业学生、2007年开始招收计算机科学与技术（体育）专业学生和教育技术学（体育）专业学生， 2010年开始招收运动康复与健康专业学生。目前在校本科生480名，培养的学生以学风严谨，实践综合能力强，开拓创新潜力大等优点，多次受到社会相关部门的赞誉，许多毕业生已成为各省市体育单位的业务骨干。
基础理论系设有运动人体科学教研室、英语教研室、计算机科学与技术教研室、教育技术学教研室、运动康复与健康教研室、体育统计与测量教研室、实验、计算机和教育技术中心，承担全院的公共基础课和专业基础课的教学与实验工作。
目前我系共有教师74人，其中教授10人，副教授17人，讲师36人。教师队伍中具有博士学位的12人，在读博士3人，硕士39人，35岁以下的教师47人。教师队伍中有博士研究生导师、硕士研究生导师、山东省有突出贡献的中青年专家、享受国家政府津贴的教师、全国优秀教师、山东省高等学校优秀共产党员、院级优秀教师和师德标兵等荣誉称号多人。
基础理论系拥有雄厚的科学研究综合实力。近5年来承担各类科研课题100余项，其中承担国家级课题6项，国家体育总局课题10项，山东省以及其他省部级课题23项，经费总额占全校经费的70%；在各级刊物发表论文200余篇，其中被SCI收录14篇，国内核心期刊90余篇，主、参编书20余本。同时，荣获省科学技术进步二等奖1项，三等奖2项；荣获中国体育科学学会科技奖三等奖2项；荣获省高校优秀实验技术成果三等奖2项。基础理论系运动人体科学学科为“九五”省级重点学科和“十五”省级强化建设重点学科，运动人体科学实验室是山东省高等院校一类实验室、山东省高等院校实验教学示范中心，运动生理学和运动医学课程是山东省省级精品课程，运动解剖学和运动保健推拿是院级精品课程。近年来在逐渐加强体育科学基础理论研究基础之上，不断完善创新科研体系的构建。在运动训练与计算机仿真、运动训练监控、运动与机体调控能力、肌肉损伤基因治疗等领域取得了一定突破，一批研究以及开发项目已取得立项并取得了阶段性成果，具有很好的理论与应用前景。
基础理论系十分重视国际间的交流与合作，注重借鉴世界先进的体育研究成果和教学经验，不断提高整体办学水平。与世界一流体育院校（如美国的波尔大学等）和科研机构(中国体育科研所、中国科学院等)开展项目合作研究、人员交流、合作举办国际会议等多种形式，已建立了广泛的密切联系。
历经52年的发展历程，现在的山东体育学院基础理论系已成为山东省领先的、以发展多层次教育教学为主要任务的教学、科研中心，是山东省体育科学领域高级专门人才的培训基地。