海洋生物多样性与进化研究所于2010年2月成立，是中国海洋大学海洋生物学国家重点学科、生物学一级学科博士点的构成之一。所属各团队聚焦于海洋重要模式生物、重要功能类群的多样性、发育与进化等基础理论领域,并在海洋纤毛虫个体与系统发育、多样性研究、文昌鱼等模式动物的发育与进化、鱼类肝脏特异性蛋白（Vg）免疫功能等领域取得了国内外公认的地位。
主要研究方向：
● 发育与进化 以文昌鱼、斑马鱼等模式动物为材料，研究其早期发育过程中的基因功能、信号转导途径以及免疫作用和免疫相关基因的结构、功能，以揭示脊椎动物的起源与演化规律。
● 原生生物的多样性与系统发育 研究以纤毛虫为代表的海洋中各类群的多样性及细胞水平的分化规律；探讨纤毛虫细胞器结构模式的形成与发育；开展对重要类群DNA建库以及大尺度的系统发育与演化研究。
● 重要进化节点生物的多样性与进化 研究海洋生物重要类群的物种、基因多样性及个体发育；结合形态和分子等特征研究物种的变异与分化，探讨重要类群的系统发育以及结构与功能的适应进化；开展重要功能基因的的克隆、表达与调控研究。