2006年山东大学在209个硕士学位授权专业招收硕士生，各专业均接收推荐免试生。法律硕士、MBA、软件工程硕士招生人数仅含国家计划外委托培养、自筹经费两种类别，其它招生专业招生人数含国家计划内非定向、定向和国家计划外委托培养、自筹经费四种类别。
山大在理、工、医学门类的博士学位授权专业实行硕博连续培养制度。通过考生自愿报名，学校择优选拔，部分优秀新生可被录取为硕博连续培养研究生，此类研究生入学两年内修完规定的硕士、博士课程，并通过资格考试者，第三学年可进入博士生学习阶段，硕博连续培养学制为五年。