历史学系是福建师范大学历史最为悠久的系科之一。其前身是1907年福建优级师范学堂开设的史地选科。1952年福州大学成立时，历史学系又由华南女子文理学院历史系和福建协和大学历史系合并而成。1953年原福州大学更名为“福建师范学院”，1972年再改名为福建师范大学，而历史学系一直是本校最主要的系科之一。
改革开放以后，历史学系在原有的基础上又有了长足的发展。自1983年起相继增设图书馆学、档案学、社会工作和信息管理与信息系统专业，1979年开始招收历史学硕士研究生，1998年开始招收历史学博士研究生，办学规模不断拓展，办学层次日益提高。1995年又挂牌成立“社会学系”，进一步发展为复合型的系科。现全系共有教职员工69人，其中教师50人（教授14人、副教授25人、讲师9人、助教2人）。
历史学系曾经拥有一批在国内外史学界有一定知名度的学者，现在各学科的学术带头人在国内外史学界也都有相当的影响。全系科研成果斐然，事业蒸蒸日上。