体育部成立于2001年10月，现设办公室、教学教研室、群体教研室、体质测试中心，负责全校公共体育课教学、群体竞赛、学生体质测试等各项体育工作。体育部现有教职工20人，其中专任教师17人，教授4人、副高级职称5人、中级职称5人、初级职称5人，具有硕士学位9人。
坚持“育人为本，健康第一，全面发展，服务学生”的指导思想，加大体育课程与教学改革力度，突出体现中医药院校的专业特色，注重继承宏扬民族传统体育项目，构建了“1+3”课内外一体化体育课程模式。
以全面落实“亿万学生阳光体育活动”，切实提高学生体质健康水平为目标，每年开展丰富多彩的群体竞赛活动，常规赛事有校田径运动会、太极拳广播操团体比赛、校园吉尼斯比赛、拔河比赛、趣味项目比赛等，同时积极开展各种新型竞赛活动，如定向运动、素质拓展运动等。2004年至今，在全国各类武术比赛中，共获得18金、9银、8铜的好成绩。
积极贯彻实施《国家学生体质健康标准》，学校成立了体质测试领导小组，制定了实施细则。目前，我校每年都顺利完成了《国家学生体质健康标准》测试工作以及教育部要求的数据上报等工作，2008年度获得福建省实施“国家学生体质健康标准”先进单位称号。