蚌埠医学院于1979年开始招收硕士研究生，1981年11月3日被国务院批准为首批硕士学位授予单位。现有13个二级学科、专业硕士学位授权点，分别为人体解剖与组织胚胎学、免疫学、病原生物学、病理学与病理生理学、临床检验诊断学、影像医学与核医学、护理学、药理学、内科学、儿科学、急诊医学、外科学和肿瘤学。这13个硕士学位授权点，涵盖了34个三级学科、专业。1999年经省教育厅批准，我院与安徽医科大学联合举办研究生课程进修班；2003年我院被国务院学位委员会批准为临床医学硕士专业学位试点单位。
蚌埠医学院研究生部为学院研究生教育管理工作职能部门，下设研究生招生办公室、教学培养办公室、硕士学位办公室。目前研究生部工作人员6人，其中主任、副主任2人；秘书1 人。研究生部党总支负责在校研究生管理及思想政治教育工作，下设三个党支部，配备专职辅导员1人。我院研究生教育实行校、系、教研室三级管理，研究生培养采取导师组负责制，责任导师具体指导。
到2007年9月，蚌埠医学院在校研究生338名，研究生规模虽小，但管理规范、制度完善、质量较高。有关研究生教育方面规章制度有20多项。我院毕业研究生就业情况很好，就业率一直是100%，并且90%毕业生在“三甲”级医院就业，近几年平均有20%考取博士研究生。蚌埠医学院规划到“十一五”末，力争达到一级学科授权点2～３个，二级学科授权点16～18个，在校硕士研究生将达450～500名。