寄生虫病研究所前身为1928年成立的“杭州热带病研究所”，是我国最早成立的寄生虫病专业研究机构。创办人是著名寄生虫学家洪式闾教授。 1984年7月经卫生部/WHO确认为“世界卫生组织蠕虫病研究合作中心”。1988年经国务院学位委员会批准为寄生虫学硕士学位授予单位。同年经省卫生厅批准，建立“浙江省寄生虫病防治研究所”。2006年经浙江省卫生厅批准，成立“浙江省血吸虫病防治中心”。
现任所长为闻礼永研究员，副所长为陆绍红研究员，全所在职人员共26人，其中高级职称9人，中级职称10人，初级职称6人。主要开展血吸虫病、土源性和食源性寄生虫病的流行病学、防治技术和防治策略以及灭螺新药的研究；开展血吸虫病和寄生虫病新药物、新技术、新方法的研究；采用分子生物学技术开展寄生虫病的诊断、免疫等方面的应用性和应用基础研究；开展交叉学科的医学诊断技术的研究； “WHO蠕虫病研究合作中心”承担以血吸虫病和土源性线虫病为主的蠕虫病防治科研工作；浙江省血吸虫病防治中心承担全省血防业务管理、技术指导、技术培训、质量检查、联防联控、突发疫情处理和应用科学研究；作为浙江省血吸虫病研究委员会和浙江省预防医学会医学寄生虫学专业委员会挂靠单位，承担咨询、培训、技术指导工作；承担病原生物学研究生培养，迄今已培养医学硕士研究生13名，现在读硕士、博士研究生7名。
50年来，我所科技人员结合我国寄生虫病防治工作的实际，致力于开展防治工作中关键性技术问题的研究，取得71项科技成果奖，其中全国科学大会奖2 项，国家科技进步奖2 项，国家“八五”攻关重大科技成果1 项，国家发明奖1 项，国家发明专利1项，部省级科技奖53 项，厅级科技奖15项，为我国的寄生虫病防治工作提供了有价值的科学依据和有效的技术手段。