浙江省医学科学院座落于风景秀丽的西子湖北侧、杭州市高新技术开发区和高教文化区的交融地带，与浙江大学玉泉、西溪校区、黄龙体育中心和浙江图书馆紧紧毗邻，占地近60亩。
我院成立于1950年，是我省规模最大的综合性医药卫生科研机构。我院现有在职人员390名，其中高级专业技术职称100人，院士2人，享有政府特殊津贴40人，有6人被评为国家有突出贡献中青年科技专家，有11人列为浙江省跨世纪学术和技术带头人。设有病毒病、生物工程、寄生虫病、药物、卫生学、计划生育、保健食品、医学情报、实验动物等9个研究所（中心）以及WHO人类蠕虫病合作研究中心、WHO人类生殖合作研究中心、国家甲型肝炎减毒活疫苗毒种保存中心、国家药品临床研究基地、国家新药安全评价研究重点实验室、浙江省实验动物与安全性评价重点实验室、浙江省中药新药研究开发中心等。院内拥有病原分子生物学、药学、劳动卫生学、营养学四个省级医学重点学科和病原生物学、药理学、药剂学、劳动卫生与环境卫生学四个硕士学位授予点。此外，我院还被卫生部确定为化学品毒性鉴定机构，被卫生部、农业部确定为农药毒理学试验认可单位和卫生部医药科技项目查新咨询单位。
改革开放以来，全院每年承担国家和省部级科研项目100余项，累计获奖科研成果200余项，其中国家发明奖3项（其中二等奖2项，三等奖1项）、国家科技进步奖11项、全国科学大会奖11项，国家发明专利13项。一些科研成果已跻身国际先进行列，如甲肝减毒活疫苗的研究开发成功并实现产业化，在控制甲肝流行方面取得了重大突破；各类避孕药药代、毒代动力学和长效避孕药物研究以及在男性生育调节因子和受精机理领域的研究成果，为我国的计划生育事业提供了有力的支持；血吸虫病防治药物研究及最优化控制方案成果，继续为我国控制和消灭血吸虫病作出贡献。同时，在新药和中药研究与开发，新药、农药、食品及化学品的毒理研究与安全性评价，寄生虫病、传染病、地方病、职业病等防治研究，以及医药卫生信息技术研究等方面取得了较大的成绩，为促进我省医药卫生事业和经济建设发展作出了贡献。
“十一五”期间，我院坚持以科学发展观为指导，弘扬“创新、服务”精神，以学科建设和技术创新为主线，以人才培养和团队建设为根本，以平台建设和科技成果转化为依托，以改善科研环境为保障，全面提升管理服务软实力，把我院建设成为“在全省医学科研中发挥引领作用、在全国医学科研前沿占一席之地”的省级重点科研院所，为浙江经济社会发展和保障人民健康服务。
浙江省医学科学院创建于1950年1月，前身为浙江卫生实验院，是我国成立较早的医药卫生科研机构，当时仅设立寄生虫学、流行病学、卫生教育等3个研究组，只有10余间实验室，17名科研人员，科研条件十分简陋。经过50年的创业和建设，现在我院已发展成为全省最大的多学科、综合性医药卫生科研机构，设有病毒病、生物工程、寄生虫病、药物、卫生学、计划生育、保健食品、医学情报、实验动物等9个研究所（中心），40余个研究室，建有世界卫生组织（WHO）蠕虫病研究合作中心，WHO人类生殖研究合作中心，中国预防医学科学院浙江合作中心，国家甲型肝炎减毒活疫苗毒种工业性试验基地，国家药品临床研究基地，国家新药安全评价研究重点实验室及浙江省实验动物与安全性评价重点实验室等，兴办了浙江普康生物技术股份有限公司、浙江普发科技开发中心、院制药厂等6个经济实体，分别被卫生部、农业部指定为农药毒理学试验认可单位，卫生部医药科技项目查新咨询单位。现有高级职称的专业技术人员100名，占科技人员总数的33%，其中院士2名，有10人分别担任国家自然科学基金专家评审委员会委员，卫生部专家咨询委员会委员、卫生部新药评审委员会委员、国家计生委专家委员会委员，有3人被家有突出贡献中青年科技专家，35人享有政府特殊津贴；设有病原微生物学、药理学、药剂学、劳动卫生与环境卫生学四个硕士点。已与美、日、欧共体等30多个国家、地区和组织的科研机构建立了科技合作与学术交流关系没，国际间的科技活动日趋活跃没，在国内外享有良好的声誉。
浙江省医学科学院自建院以来，在党和政府的关心、支持下，遵循“创新、服务”院训，坚持以科研为中心，加强高新技术研究与开发，发展医药生物技术，经过几代人的共同努力，取得了累累硕果：我院首创的“土埋灭螺法”和口服预防血吸虫病药物青嵩琥酯的推广应用，为我国的血防事业作出了重要贡献；甲肝减毒活疫苗的研究开发成功并实现产业化，使控制甲肝严重流行取得了重大突破；抗早老性痴呆药物石衫碱甲，抗癌新药卡铂、抗前列腺炎新药前列康及珍稀濒危药用植物铁皮石斛试管的繁育技术等的研制成功，显示了我院强大的新药研发实力；各类避孕药倒代、毒代动力学和长效避孕药、抗早孕药物以及在男性生育调节因子和受精机理领域的研究成果，为我国的计生事业提供了有力的支持；负责制定的近20项现行国家卫生标准，为人类的生活和健康提供了有效的保障；同时，我院在新药、农药、食品和化学品的安全性评价，在保健食品、实验动物、医学信息等方面的研究服务以及在其它重要传染病、地方病、职业病的防治研究领域都进行了卓有成效的工作，取得了重大成果。全院每年承担国家和地方性科研项目100项，累计获得科研成果200余，其中国家发明奖3项，全国科学大会奖11项，国家科技进步奖8项。有些科研成果已跻身国际先进行列没，有力地促进了医药卫生事业和经济建设的发展，为人类的健康事业作出了贡献。
面向二十一世纪，浙江省医学科学院将进一步深化科技体制改革，根据防病治病和经济建设的需求，按照“一手抓开发、一手抓人才”的发展方针没，进一步加强病原分子生物学、环境生殖医学、药学等重点学科建设没，在现有研究机构的基础上，组建浙江省重要传染病发病机理及防治制剂研究开发中心、药物和保健食品研究开发中心、环境医学与毒理学研究开发中心和干细胞研究开发中心、建设好临床药理基地和科技产业化基地。逐步形成和完善科技创新、产业开发、临床服务三足鼎立齐头并进的“一院两制”新格局，努力把浙江省医学科学院建设成为学术水平高、科研开发能力强和经济实力雄厚的国内一流的医药卫生科研基地。