自然地理学专业与国家环保总局南京环境科学研究所联合招生，具有理学硕士学位授予权。本专业设陆面过程与圈层相互作用、全球变化的区域响应、生态保护与管理、地理信息系统及遥感应用4个专业方向。本专业拥有硕士生导师10名，其中教授8名，副教授2名。目前承担国家级课题5项，国家自然科学基金6项，省部级、厅局级课题10余项。近5年来获省部级奖4项，出版专著及教材7部，在国内外重要学术刊物发表学术论文200余篇，其中被SCI收录15篇。本专业导师队伍学术思想活跃，具有良好的实验设备，形成了自然地理学科的特色与优势。
本专业学制3年。主要课程：自然辩证法、英语、现代自然地理学、现代地理学的数学方法、GIS技术及应用、资源与环境遥感等。本专业培养的毕业生可以在相关的科研院所、高校从事研究或教学工作，在相关业务部门从事专业技术或管理工作。