南京财经大学注重研究生培养质量，始终坚持学术性、应用型、复合型人才培养，本学科与跨学科培养并举，多种培养方式相结合，不断增强研究生教育开放性、灵活性和适应性，更好的满足对研究生教育不断增加的广泛性多样化的需求。
在培养过程中，学校强调对研究生课程论文质量进行全过程的质量监督，规定研究生的论文必须通过中期检查，答辩等关键环节，有研究生普通奖学金、优秀奖学金、科研奖励、学术创新奖励等等很多奖励项目。