南京师范大学电气与自动化工程学院控制理论与控制工程学科，2006年经国务院学位委员会批准授予硕士学位点。控制理论与控制工程学科以工程领域内的控制系统为主要对象，以数学方法和计算机技术为主要工具，研究各种控制策略及控制系统的建模、分析、综合、设计和实现的理论、技术和方法。涉及到控制科学与工程一级学科下所包括的二级学科专业中的相关基础理论与技术。研究生开设的主要课程有：《现代控制理论》、《鲁棒控制》、《数字信号处理》、《智能控制系统》、《最优化方法》等。
本学位点主要研究方向有：复杂系统控制；过程控制；智能检测与控制；网络控制等。已形成以工程应用为背景，以网络环境下复杂系统的设计、检测、控制与制造一体化为研究特色的学位点。
近年来，该学科承担国家自然科学基金4项、国家教育部基金1项、省部级科研项目2项、厅局级科研项目15项，部分成果达到国际先进水平。获取“2007年度教育部自然科学奖”二等奖、获取“2005江苏省青年创新大赛”二等奖、“挑战杯”银奖、“全国电子设计大赛”一等奖等奖项，一些成果在工程中得到成功应用，取得了显著的经济和社会效益。在Automatica,IEEE Transactionson Automatic Control,自动化学报，控制理论与应用，Chinese Journal of Mechanical Engineering等国际自动控制著名杂志和学术会议以及国家一级学术刊物上发表200多篇论文，出版学术专著7部，被SCI、EI收录90多篇。本学位点有教授2人，副教授16人，拥有博士学位者12人，其中，江苏省“六大高锋人才”1人，江苏省“333高层次人才1人。学术带头人是岳东教授；硕士生导师9人。
控制理论与控制工程专业研究生培养目标主要是：以培养德、智、体全面发展，基础扎实、知识面广，掌握本专业坚实而宽厚的理论基础和系统深入的专门知识，熟练所从事研究方向的科学技术发展动向，具有从事高校、科研单位、应用管理等部门的教学、科研、技术开发和工程设计的高层次人才为目标。本专业培养的研究生主要在高校、科研机构、工业企业、外资企业从事教学及研发等工作。