南京师范大学体育科学学院历史悠久。其渊源可追溯到1902年三江师范学堂成立时开设的“体操科”。1916年，南高师设立体育专修科，专门培养体育专业人才。1952年全国高校院系调整，组建南京师范学院，设有专门的体育教研室。1976年，南京体育学院部分教师调入南师建立体育系。2000年，原南京师范大学体育系和公共体育部合并组建南京师范大学体育科学学院。经过几代人的薪火相传，历经近百年的发展，学院已经成为一所办学层次齐全，集人才培养、科学研究、训练竞赛、科技开发、社会服务为一体的新型学院。
学院下设体育教育系、社会体育系、运动人体科学系（基础理论系）、公共体育部、场馆中心、办公室等机构。
学院自1984年招收体育教育训练学研究生以来，已先后建成课程与教学论博士点的体育方向；体育人文社会学博士学位授权点；体育学一级学科硕士学位授权点和下属4个二级学科硕士学位授予权点；体育专业硕士授权点；招收教育硕士、高教硕士。目前，在读本科近600人，硕士生近300人，博士生13人。学生曾在奥运会及国际国内体育大赛上获得优异运动成绩，有奥运会冠军，有世界大学生运动会网球女子单打冠军等等。一直以来，学院以培养“文武双全、专长突出、人文底蕴厚、综合素质高”的体育专业人才为己任，为国家和地方培养了大批各级各类优秀体育专业人才。
学院拥有体育学博士后流动站；国家体育总局体育社会科学重点研究基地、国家体育总局体育文化研究基地、教育部体育与艺术师资培养培训基地；体育学校级重点学科。已同企事业单位建立了密切联系，并以挂牌的方式建立了体育学科研究生、本科生实习或社会实践基地；同时还与国内外兄弟院校建立了体育学术交流与合作关系，并多次承办国际国内学术会议。
学院现有教职员工105人。其中教师队伍85人，硕士生导师24人，博士生导师5人，有国际级裁判、国家级裁判16人，国际级、国家级运动健将6人。学院已建成学术型教师和实践型教师相得益彰、专职教师和校内兼职教师相互补充的师资团队。
在南京师范大学百年学府“正德厚生、笃学敏行”醇厚风尚的润泽下，学院坚持“加强学科建设，提高办学层次，提升科研水平、培养高素质体育人才”的发展理念，围绕学校“创建综合性有特色的教学研究型大学”的发展目标，在学院的未来规划及发展中，将秉承优良传统，坚持内涵提升与外延拓展协调发展，充分利用综合性大学的多学科交叉优势和人才优势，走可持续发展的道路，努力把学院建设成为国内一流、特色鲜明、面向世界的教学研究型学院。