“控制理论与控制工程”是全国首批国家重点学科，设有教育部特聘教授岗位、博士后流动站。以该学科为核心，“控制科学与工程”为一级学科博士点。已故中国科学院院士、著名的自动化专家钱钟韩教授是该学科的创始人。目前，该学科有中科院院士冯纯伯等11名教授，其中两名教师获国家杰出青年基金。该学科主要研究方向：复杂系统建模、分析与控制；生产过程综合自动化；人工智能与智能机器人控制；运动控制理论与方法等。
近五年来，承担了国家自然科学重点基金4项，国家863/CIMS项目12项、攀登计划1项，国家自然科学面上基金项目10项。获国家级科技进步奖4项。在复杂系统控制的基础理论研究、CIMS应用工程方面取得了显著成绩，并形成了自己的学术特色，在国际上有一定影响。
五年来，该学科发表的论文被SCI和EI收录的共有159篇。获全国优秀博士论文一篇。博士生的培养质量得到了国内外同行的较高评价。