东南大学是依照学科发展的规律和发展趋势设置学院的，目前设有建筑学院、机械工程学院、能源与环境学院、土木学院等34个院系。
学校有一个2185名专任教师组成的高素质的师资队伍，有大师级的资深专家，也有在第一线的中青年专家，更有一批生机勃勃的有潜力的青年教师，形成了深厚的有实力的学术团队，全校现在有正、副教授1300多人，博士生导师近500人，我们有两院院士11人，国家级的名师4人，长江学者28人，国家杰出青年科学基金获得者22人，国家有突出贡献的中青年专家13人，教育部新世纪优秀人才74人，可谓人才济济。