为了充分利用我国的氟资源，促进我国的氟化学研究和氟化学工业的国家竞争力，为我国国民经济和国家安全所需的含氟化学品和和含氟材料提供技术源泉，同时整合上海有机化学研究所的有机氟化学研究力量，上海有机化学研究所自筹经费于1998年6月建立了“中国科学院上海有机化学研究所有机氟化学开放实验室”。上海有机化学研究所一直将有机氟化学和含氟材料作为所的重要研究方向之一，在上海有机所二期创新的六大项目中，其中二项是有机氟化学和含氟材料的研究课题。同时，有机氟化学的研究已渗透到上海有机化学研究所的主要学科中（如：生命有机、有机合成和金属有机等）。根据中国科学院新时期的办院方针和学科布局，以及上海有机化学研究所有机氟化学的研究基础和队伍，中国科学院于2002年12月批准成立了“中国科学院上海有机化学研究所有机氟化学重点实验室”。实验室在2004年3月至5月的全国化学类国家重点实验室的评估中，被评为良好。