1982年，高等教育研究室成立，1985年高等教育研究室并入原教育科学研究所，作为该所三个研究室之一，同时成为全国首批设置的高等教育学硕士点；1993年设置了高等教育学博士点。1990年在高等教育研究室的基础上组建了校高等教育研究中心，1998年在系所调整中又建立了高等教育研究所。2002年4月，高等教育研究所成为教育科学学院中独立建制的研究所。
高等教育研究所现设高等教育学学科，为博士、硕士学位授予点和教育学博士后流动站的学科之一。目前所内共有教师15人，14人获得博士学位，其中博士导师6人，硕士导师5人，兼职教授3人，体现了专兼结合，以专为主，老中青结合的优化结构。研究领域涉及高等教育哲学、高等教育管理、高等教育评估、高等教育政策、国际和比较高等教育、教师教育、学生发展与就业辅导等众多领域。在高等教育政策、高等教育评估、教师教育等领域的研究在全国享有声誉。每年定期编辑并出版《中国高等教育研究新进展》，共出版学术著作40余部，参与编写专著40余部，发表学术论文1000余篇。共承担过30余项国家级、60余项省部级课题和项目。一些研究成果曾经获得全国高等学校人文社会科学研究优秀成果奖、全国教育科学优秀成果奖等多项国家级和部委级奖励。
高等教育研究所致力于培养德、智、体全面发展的立志于高等教育领域从事教学、科研和管理工作的高级人才，到2009年9月一共招收299名硕士研究生，其中192名已获得硕士学位。有16人通过在职申请获得硕士学位，高校教师在职申请硕士学位在读教师40人。1994年招收第一届博士研究生，开始了培养最高级专门研究人才的工作。到2009年9月，共招收131名博士研究生，其中90名已获得博士学位，并有3名博士毕业生的学位论文获中国高等教育学会优秀博士论文，2名获上海市社会科学优秀博士论文。2000年开始招收博士后研究人员，已有7名博士后出站。
1982年，成立高等教育研究所。现由高等教育理论、高等教育政策与管理、教师教育和学位与研究生教育四个研究室以及院校发展研究中心。高等教育学科点研究方向为：高等教育原理、高等教育管理、比较高等教育、教师教育、高等教育评价、学生发展与就业辅导。在长期研究的基础上，本学科逐渐形成了教师教育研究、高等教育评估研究、高等教育学与高等教育管理学理论体系研究、高校科技发展与管理研究等特色领域。
建所以来，尤其是近年来多次组织召开囯内外学术研讨会：2001年召开高等教育市场化国际研讨会，2002年主持高等教育质量研究高级研讨班，2003年主持民办高等教育师资队伍建设高级研讨班，2004年主持现代大学制度建设高级研讨班，2005年组织召开全国高等教育博士生论坛，2008年举办了第五届高等教育改革国际研讨会，2009年举办“研究生学术规范与学术创新”华东师范大学研究生学术论坛。这些活动的开展也极大地开拓了研究生的视野，为他们的学术积累和发展提供了良好的基础。
目标与使命
致力于培养具有创新意识和国际视野的、立志于在高等教育及相关领域从事教学、研究和管理工作的高级人才。
高等教育研究所是我国高水平专业人才培养和培训的重要基地之一，也是全国有突出影响的高等教育研究与咨询中心。
人才培养
1985年，高等教育研究所成为首批设置的高等教育学专业硕士点；1993年，高等教育研究所设置了高等教育学专业博士点；高等教育研究所目前提供高等教育原理、高等教育社会学、高等教育经济学、中外高等教育史、国际与比较高等教育、高等教育政策、大学课程与教学、组织行为学、高等教育管理、高等教育评估、学校战略规划与管理、高等教育质量管理、教育人力资源管理、学生发展与管理、生涯发展与规划、学生就业辅导、劳动力市场分析、高等教育国际化、学位与研究生教育、教师教育等20余门适合于博士和硕士研究生的专业课程以及若干适合于博士后、访问学者等人员的合作和研修专题。到 2009年9月，共授予博士学位90名、硕士学位192名。出站博士后7名。其中，有3名博士毕业生的学位论文获中国高等教育学会优秀博士论文，2名博士毕业生的论文获上海市社会科学优秀博士论文，3名博士毕业生的论文入选上海市社会科学博士文库。在读博士研究生32名、硕士研究生72名、在职申请硕士学位人员36名、国内访问学者等各类进修人员10余名。近年来，留学生的数量不断增加，先后有日本、韩国、马来西亚、肯尼亚、越南等国以及中国台湾地区的学生在我所攻读硕士和博士学位。目前，有5名留学生在读。本专业的毕业研究生大多在高等学校和教育行政部门从事教学、研究和教育行政管理工作。就业率连续多年保持在90%以上。大多数博士毕业研究生在教学、科研和管理岗位都获得了较好的职业发展，取得了一定的成就，成为相关机构的骨干人才。
历史沿革
1985年，高等教育研究室并入原教育科学研究所，作为该所四个研究室之一
1985年，设置高等教育学专业硕士点
1993年，设置高等教育学专业博士点
1990年，在高等教育研究室的基础上，成立高等教育研究中心
1996年，设立博士后科研流动站1998年，在院系所调整中成立高等教育研究所，设在教育系
2002年4月，成为教育科学学院下属的独立研究所。2007年，成为国家重点学科（教育学一级学科）