华东师范大学认知神经科学研究所 （Institute of Cognitive Neuroscience） 成立于2008年，隶属脑功能基因组学教育部（上海）重点实验室。研究所主要研究方向为：感知、学习与记忆等脑高级认知功能的神经机制。研究所的科学研究中，融合了多种学科，如生物学、心理学、数学、物理学、化学、计算机科学、信息科学及自动化控制等。研究所目前有12位全职研究人员， 其中正教授6名，副教授2名，讲师4名。研究所另有6位国内外访问教授（其中1位为长江学者）。
根据所中主要研究人员的研究领域，研究所目前下设11个研究室为其主要的研究方向服务：灵长类高级认知功能神经生理研究室（周永迪教授），分子认知实验室（王惠敏教授），痛觉研究室（董晓蔚教授），听觉信息处理及功能可塑性实验室（张季平教授），空间认知和行动实验室 （何子江兼职教授），医学图像和计算生物信息实验室（徐冬溶兼职教授）和内隐认知研究室（郭秀艳教授）， 认知障碍研究室（刘杰教授），神经回路功能研究室（冯国平兼职教授）， 衰老与神经系统研究室（何志刚兼职教授、蔡斌副教授）， 认知神经影像研究室（王兆新副教授）。