上海交通大学马克思主义学院于2009年6月19日正式成立。马克思主义学院是以原人文学院思想政治理论教育中心为主体组建的，为直属学校领导的思想政治理论课教学科研二级机构。学院现有教职工35人，其中教授8名，副教授16名。
马克思主义学院是学校思想政治理论课教学部门和马克思主义理论研究机构，也是马克思主义理论学科点的依托单位。目前，学院下设“六室一所”，负责全校本科生、研究生思想政治理论课的教学、研究和管理，主管研究生的培养及马克思主义理论研究等工作。承担全校本科生《马克思主义基本原理概论》、《毛泽东思想与中国特色社会主义理论体系概论》、《中国近现代史纲要》、《思想道德修养与法律基础》、《形势与政策》以及研究生思想政治理论课的教学工作，并承担马克思主义理论学科建设。
学院高度重视思想政治理论课教学工作，大力推进思想政治理论课改革，不断创新手段和方法，取得了较为突出的成绩，在学校思想政治教育中发挥了主渠道、主课堂作用。马克思主义学院将在学校党委和相关部门领导的指导和支持下，在提升学院的学术竞争力、社会影响力和国际化水平过程中，不断实现新的跨越。