牡丹江医学院临床医学院成立于2009年12月，由临床医学系、麻醉学系、医学检验学系、口腔医学系、康复治疗学系合并组建而成。临床医学专业教学始于1959年，是全校规模最大的专业；1985年和1989年分别开设了麻醉学专业和医学检验专业，均为黑龙江省重点专业； 2006年和2007年，学校以附属红旗医院口腔和康复治疗临床为依托，分别开办了口腔医学专业和康复治疗学专业，并于同年正式招生。全院设有学院办公室、学生工作办公室与团委合署办公、教研科、实习就业科4个管理机构，设有内科学、外科学、妇产科学、儿科学、诊断学、麻醉学、医学检验、口腔医学、康复治疗学等18个教研室及临床技能中心、口腔综合实验室、康复综合实验室3个实验教学机构。教学活动依托附属红旗医院、临床技能中心、口腔综合实验室、康复综合实验室，教学用房总面积达2320平方米、教学设备总值达920万元，附属红旗医院1200张床位，供各专业学生临床课程的实习和见习使用。
临床医学院承担全院临床医学专业、麻醉学专业、医学检验专业、口腔医学专业、康复治疗学的专业课及各层次各专业临床医学课程的理论与实践教学、科研工作和学生管理工作，是学院临床医学教育、科学研究和成果产出的重要基地。近年来，临床医学院在学科建设、课程建设、教学质量、教学水平、教学设施、教学研究及学生综合素质培养和师资队伍建设方面都取得了长足的进步和快速的发展。临床技能中心是省级实验教学示范中心，内科学教研室是省级教学团队，诊断学课程是省级精品课程，内科学学科被学院定为第一批申硕学科。拥有省级重点专业2个（麻醉学、医学检验），省级教学名师1人。院级重点学科4个（内科学、外科学、妇产科学、儿科学），院级精品课程4门（诊断学、内科学、临床生化检验、危重病学），院级重点建设课程3门（外科学、神经病学、实验诊断学）。
临床医学院师资力量雄厚。现有教师272人，副教授以上职称135人，其中教授85人、博士及在读博士研究生15人、硕士及在读硕士研究生142人、硕士生导师9人。2006年以来，参加编写卫生部教材办《全国高等医学院校规划教材》15部，在国家级及省级以上刊物发表论文580余篇，其中被SCI收录10余篇，承担国家、省厅、局级科研立项课题125项，获得国家级、省部级、厅局级、院级科研成果奖63项。
临床医学院注重学生素质教育和实践及动手能力的培养，学生综合强，受到用人单位的欢迎，为黑龙江省和全国医疗卫生事业的发展做出了重要贡献。
临床医学院将以科学发展观为统领，以申硕为契机，继续抢抓机遇，加快发展，与时俱进，开拓创新，努力把临床医学院建设成为培养实用性、高素质医学人才的重要基地。力争在教育质量、科学研究、学科建设、管理水平等方面取得更大进步，为学院快速发展而努力奋斗！