牡丹江医学院基础医学院的前身是基础医学部，始建于1960年，2009年12月更名为基础医学院。经过50年的建设与发展，历经几代人的艰苦创业和奋斗，现已成为牡丹江医学院人才培养、科学研究、成果产出及为社会服务的重要基地。
一、机构设置
基础医学院现有办公室、教研科、学生工作办公室、9个教研室（解剖学、生理学、病理学、组织学与胚胎学、病理生理学、生物化学与分子生物学、生物学、病原生物学、机能学教研室）和1个省级实验示范中心（解剖学实验室、形态学实验室、机能学实验室、病原生物学与免疫学实验室、生物技术实验室），1个省级重点实验室（肿瘤基础与纳米应用重点实验室）。
二、师资队伍
基础医学院拥有一支力量雄厚、治学严谨、充满活力、学历层次较高的以中青年教师为中坚力量的师资队伍，现有在编教职工153人，其中教授27人，副教授28人，讲师45人，助教18人，教辅和其他人员35人。博士23人，在读博士18人，硕士71人，在读硕士8人，在读博士后5人，具有硕士以上学位教师占教师总数比例达到80%。承担临床医学、麻醉、检验、预防医学、医学影像、药学、护理和公共事业管理等全院各专业本、专科及成人教育学院和硕士研究生班的教学工作。
三、学科建设与课程建设
基础医学院一直致力于学科建设和课程体系建设，经过建设与发展，现有6个专业可联合招收硕士研究生（人体解剖与组织胚胎学、病理学与病理生理学、生理学、生物化学与分子生物学、免疫学、生物学）；省级重点学科2个（人体解剖与组织胚胎学、病理学与病理生理学）；省级精品课程4个（人体解剖学、组织胚胎学、医学遗传学、病原生物学），院级精品课程6个(生物化学、生理学、局部解剖学 细胞生物学、病理学、病理生理学)。院级精品建设课程2个（分子生物学、医学免疫学）。
四、教学改革
基础医学院注重以教改促教学，不断进行教育教学改革，探索培养具有较高的综合素质，较强的创新意识和创新能力的人才的方式和途径。近五年，共承担共承担各级教研课题30余项；获各级优秀教学成果奖20余项；发表教研论文50余篇；其中主编、参编教育部和卫生部规划教材42部，协编教材20部，自编教材9部，出版专（译）著4部。
五、科学研究
在学院领导的重视与支持下，基础医学院不断改善科研条件，在共享学院科研平台的基础上，建设较完备的各学科研究室，配备较高水平的仪器设备，为承担国家级重大课题的研究奠定良好的基础。目前基础医学院已形成稳定鲜明的研究方向，在胚胎干细胞分化机制与临床应用、消化道疾病发生机制的等方面研究成果显著。
近五年，共承担或参与科研项目167项：主持国家自然科学基金1项，主持科技部科研人员服务企业项目1项，参与国家自然科学基金科研项目13项；主持省部级科研项目31项，主持厅局级科研项目80项，发表学术论文513篇，其中SCI、EI收录55篇，获得黑龙江省科学技术奖17项，厅局级科学技术奖43项。
六、教学人才与培养
（一）本科生培养
多年来，基础医学院积极更新教学观念，针对理论教学内容的不同，采用问题式、讨论式、案例式等多种教学方法改革，强化对学生自主学习能力和综合能力的培养。实验教学方面，以省级实验示范中心为平台，更新实验教学内容，强化学科之间的融合，更注重提高学生实践能力、培养学生创新能力。同时依托大学生实验创新基地，开展丰富多彩的第二课堂活动，积极支持和鼓励本科生参与教师的科研活动，培养学生的基本科研技能及科技创新能力。近年来，学生参与完成的教师科研课题达30余项，学生撰写学术论文10余篇，多篇文章发表在学术刊物上。在2006年本科教学水平评估中，以同济大学文历阳教授为组长的专家组给予了优秀的评价。
（二）硕士研究生培养
1998年，基础医学院开始与佳木斯大学联合培养硕士研究生。近年来已培养硕士研究生50余人，其中9人获得优秀硕士研究生毕业论文，毕业生论文答辩得到了哈尔滨医科大学等院校专家的好评，其中，赵富生和武庚的硕士研究生毕业论文得到美国洛克菲勒大学教授、国际生殖干细胞研究首席专家葛仁山教授的高度评价。20余人考取北京大学、复旦大学、四川大学、吉林大学等国内名校攻读博士学位，部分博士已毕业返校工作，他们已成为各学科教学和科研的中坚力量。
七、学生工作
学生工作方面，基础医学院秉承“以学生为中心”的工作理念，建设成一支专职辅导员与兼职班主任相结合的学生工作队伍，切实加强学生思想政治教育和素质教育，狠抓学生学风建设和日常管理工作，同时基础医学院要求任课教师树立“以人为本”的人本教育理念，关注课堂，关注细节，构建了辅导员老师、兼职班主任、任课教师多元参与，齐抓共管的管理格局，建立了“民主、平等、和谐”的新型师生关系，形成了师生互动、教学相长的良好氛围。
八、各种荣誉
近年来，基础医学院先后荣获“全省教育系统师德建设先进单位”， 学院“三育人暨迎评促建先进处级单位”， 学院“党风廉政建设先进集体”、“科研工作先进集体”等荣誉称号，也涌现出全国“五一劳动”奖章获得者1人，省级“三育人”先进工作者1人，省高校优秀党务工作者1人，省模范教师1人，省卫生系统中青年专家3人，牡丹江优秀中青年专家2人，牡丹江市劳动模范1人，牡丹江十佳杰出青年1人，学院优秀教师、“三育人”标兵和模范党务工作者等120余人。
在学院党政领导的关怀和支持下，基础医学院将一如既往的以“团结、勤奋、严谨、务实”为宗旨，与时俱进，开拓进取，为培养全方位、高素质医学人才而努力，为学院的发展做出更大的贡献。