黑龙江省科学院高技术研究院
黑龙江省科学院高技术研究院主要从事新材料、生命与生物科学、可再生能源和公共安全领域的研究开发。
黑龙江省科学院石油化学研究院
黑龙江省科学院石油化学研究院的前身是中国科学院东北石油化学研究所，主要开展高分化学、工业催化、分析化学、煤化学等领域的研究与开发。
黑龙江省科学院大庆分院
黑龙江省科学院大庆分院主要围绕区域经济与科技发展的需求,开展有特色的科学研究,加速科技成果转化。
黑龙江省科学院微生物研究所
黑龙江省科学院微生物研究所的前身是中国科学院东北林业土壤研究所应用微生物分所，主要从事生物工程、食用菌等方面的研究。
黑龙江省科学院技术物理研究所
黑龙江省科学院技术物理研究所的前身是中国科学院东北原子核研究所的两个研究室，主要从事辐射化学和同位素仪表的研究。
黑龙江省科学院自动化研究所
黑龙江省科学院自动化研究所，主要从事工业过程控制、自动化仪表、计算机应用、机电一体化的研究。
黑龙江省科学院自然与生态研究所
黑龙江省科学院自然与生态研究所前身是中国科学院自然资源综合考察利用研究所。主要从事国土规划、生物多样性和可持续发展方面的研究。
黑龙江省科学院火山与矿泉研究所
黑龙江省科学院火山与矿泉研究所主要从事五大连池火山矿泉资源保护与开发的研究。
黑龙江省科学院生物肥料研究中心
承担生物有机肥料工程技术的研究与推广工作。
黑龙江省科学院科技孵化中心
黑龙江省科学院科技孵化中心主要从事引进、消化、吸收国外先进科技成果，推进国产化进程；开展国内科技成果的熟化工作；承担科技成果孵化项目的协调、前期论证与申报工作。
黑龙江省科学院院系简介
| 生物多样性实验室 | 核电子学与过程控制实验室 | 同位素应用实验室 | 湿地与区域生态保育工程实验室 |
| 燃油燃煤清洁能源实验室 | 湿地与恢复生态学实验室 | 生物工程实验室 | 胶粘剂实验室 |
| 中国医学细菌保藏管理中心实验室 |