我院硕士研究生教育始于省祖国医药研究所时期。此间，省祖研所与中国中医研究院联合举办了两期攻读硕士学位的针灸研究生班，共计35人。
1981年开始招收硕士研究生，当时设3个专业：中医内科学、针灸学、中药学。1999年经省教育厅批准招生计划增加到36名 ，在校生人数逐年递增，且生源质量渐有提高，本科生占90%以上，来自全国各地。此间，毕业生就业率在90%以上，由此，黑龙江省中医研究院的硕士研究生教育有了较强的吸引力，尤其是外省报考人数逐年增加。至2008年底，我院已培养硕士研究生325名（包括在读硕士研究生106名）。2003年经国务院学位办和省学位办批准，增扩了中西医结合临床专业硕士点。2005年，我院中药学专业获国家和省学位办批准，成为第一个一级学科。到2006年底，我院已拥有一级学科中药学专业，二级学科中医内科学专业、针灸推拿学专业、中西医结合临床专业的硕士学位授予权。毕业生遍布全国各地，许多人已成为所在单位学术、业务骨干、国家级省级重点学科带头人。
导师队伍。硕士研究生教育初期，导师主要是省祖研所及省中医研究院的高级科研人员、国家及省名老中医。如张琪、张缙、高奎滨、郭文勤等。到90年代，形成了老中青相结合的导师队伍。目前，在校导师30人，均为本学科带头人及业务骨干，并且学风正派，治学严谨，能认真履行导师职责。
研究生管理。1999年，经省教育厅批准，招生计划增加到36名。至此，研究生队伍不断壮大，与之相配套的各项措施和制度也在不断完善，相继出台了《黑龙江省中医研究院研究生工作管理制度》、《黑龙江省中医研究院学位工作细则》、《黑龙江省中医研究院硕士研究生课程管理办法》、《黑龙江省中医研究院研究生指导教师工作条例》、《黑龙江省中医研究院学位证书管理办法》等各项规章制度。2005年，又重新完善和补充了一些规章制度，如《黑龙江省中医研究院研究生奖学金实施办法》、《黑龙江省中医研究院研究生宿舍管理规定》、《黑龙江省中医研究院研究生中期考核办法》、《黑龙江省中医研究院研究生病事假制度》、《关于硕士研究生学位论文的要求与格式》、《关于硕士研究生学费收缴的有关规定》等。并于2005年8月份编制了《黑龙江省中医研究院研究生工作管理手册》，使研究生管理有章可循，研究生管理工作逐步走向正轨。
1999年，我院被国家人事部批准为博士后科研工作站，到2008年底，已出站5人，在站3人。
我院研究生教育始终坚持“以质量求生存，以特色求发展”的方针，重视人才的培养，坚持能力的考核，注重导师队伍建设，不断完善各项管理制度，以提高培养质量为目标，深化教学改革，使我院研究生教育向更高、更远的方向发展，为社会培养出高层次中医药人才而奋斗。