黑龙江省中医研究院的前身是成立于1957年的“黑龙江省祖国医药研究所”，是全国成立最早的省级中医药科研医疗机构之一。随着规模的发展和功能的不断健全，1985年更名为“黑龙江省中医研究院”。为了充分发挥我院的中医医疗优势，1995年经黑龙江省编委批准加挂了“黑龙江省中医医院”的牌匾，同年被评为三级甲等中医医院；现已发展成为集科研、医疗和研究生教育于一体的综合性中医药机构，2001年先后被确定为黑龙江省和哈尔滨市的城镇职工医疗保险定点医院。2004年获得卫生部、人事部、国家中医药管理局联合授予的“全国卫生系统先进集体”和黑龙江省委授予的“全省小康建设百面红旗集体”荣誉称号。
我院医疗编制床位450张，专业技术人员和研究人员452人，其中主任医（药）师（研究员）52人，享受政府津贴的20人，国家级名中医和省级名中医13人，副主任医（药、护、技）师（副研究员）114人，中级职称以下人员317人。我院拥有全国著名老中医、博士生导师张琪教授以及郭文勤、王铁良教授，全国著名中药学专家高奎滨、吴秉纯和王伟明研究员，全国百名杰出青年中医、黑龙江省名中医、博士生导师张佩青、王顺教授等在国内外影响较大的一批学科带头人及业务骨干。我院现有国家级重点专科3个，国家级三级实验室2个，省政府重点学科6个，省中医重点专科8个。40多年来，不仅研制出了“刺五加”、“满山红”、“双黄连粉针”等许多令人瞩目的科研成果和建设了具有广泛影响的肾病、心血管病和针灸等中医重点专科，也为国家培养和输送了一大批的中医药高级人才。
我院医疗部分设内、外、妇、儿、骨、针灸、推拿、皮肤、肛肠、急症、口腔、眼科等一级临床科室14个，肾病、心病、脾胃、呼吸、脑病等二级专业分科12个，糖尿病、中风、风湿、结石、心肌炎、痛风、白内障等专病诊室14个。设医技科室10个。2001年在原有“全国中医肾病医疗中心”的基础上，心血管病专科又被确定为“全国中医心血管病医疗中心建设单位”，针灸科成为省级重点学科。“全国中医肾病医疗中心”的规模在全国所有中医重点专科中规模最大，有固定床位165张，最多使用床位210张，其肾病中心免疫实验室为国家三级实验室；针灸科设床位100张，并配有功能齐全的现代化康复治疗中心。全院2003年年门诊量达20多万人次，住院病人7000余人次，全年床位使用率为93.4%。区外患者占14.8%。
建院以来共获得科技成果200多项，其中获部省级以上科技进步奖60多项，现承担部省级以上科技攻关课题50多项。我院下设的中药研究所为国家中医药管理局中药剂型改革基地，有条件研制和生产多种中药剂型。现已研制出中药新产品30多个并投放市场。现承担的“北药系列产品研发项目”被列入黑龙江省政府百项重点工程，2003年成为八项重点前期项目之一。其研发的“芩百清肺微丸抗支原体项目”被列为国家科技部技术创新基金项目，是开发前景非常好的对抗SARS病毒和抗支原体的新药；2004年又研制出拥有我院自主知识产权的新药“芪风固表颗粒”，并已获得国药准字批号。另外我院还设有天然保健补品厂和一个制药厂，主办《黑龙江中医药》杂志。
在研究生教育方面，我院拥有中医内科、中药学（包括中药药理、中药药剂和药物分析学）、针灸推拿和中西医结合等5个专业的硕士学位授予权，硕士研究生导师33名，博士研究生导师3名；目前在院就读硕士研究生80多名。我院从1981年就开始招收硕士研究生，至今已有20多年，招收的硕士研究生来自全国各地。1999年我院又被人事部批准为博士后科研工作站。