发酵工程学科创建与1992年，2005年获得硕士学位授予权。拥有目前国内最先进的发酵、培养和分析检测等设备。本学科的研究方向主要为：发酵微生物与发酵工艺、生物化学与代谢调空、分子生物学与酶学工程等。 近五年来，主要开展了野生蜜环菌的筛选、驯化及发酵工艺优化与控制及系列功能性食品开发，林蛙输卵管生物反应器关键技术研究，粮食（玉米、大豆）生物高附加值转化关键技术研究等方面的研究工作。本学科目前共承担国家、省部级科研项目8项，在国内外各类学报上发表论文80余篇。