吉林大学古籍研究所是在教育部全国高校古籍整理委员会直接指导下的重点研究所，经吉林大学历史系于省吾、金景芳两位著名学者与当时历史系主任张忠培教授的筹划，于1983年8月创建的。吉林大学古籍研究所建立后，隶属于全国高等学校古籍整理研究工作委员会，其工作受到高校古委员会的具体指导。吉林大学院系整合后，确定为部属校管所，有独立的行政机构和人员编制。
在国务院实行学位制度以来，古籍研究所就拥有中国古代史和考古学两个博士点。后来，由于考古学系的建立，将考古学博士点移至考古学系，1998年古籍研究所依靠自身的力量，又申请下了历史文献学的博士点。现在古籍所拥有中国古代史和历史文献学两个博士点和省重点学科――历史文献学。并与文学院历史系、考古学系共同拥有历史学博士后科研流动站。