沈阳药科大学从1956年起招收研究生，是国务院学位委员会首批授权具有授予博士、硕士学位，较早开展在职人员以研究生同等学力申请硕士学位，自行审定博士生指导教师的单位。具有药学一级学科博士学位授予权，硕士招生专业26个：药物化学，药剂学，生药学，药物分析学，微生物与生化药学，药理学，企业管理学，药事管理学，天然药物化学，临床药学，中药化学，中药生物技术学，中药药理学，中药药剂学，中药鉴定学，中药分析学，中药炮制学，中药资源学，生物化学，应用化学,分析化学，有机化学，生物化学与分子生物学，中西医结合基础，药物信息学，制药工程。博士招生专业19个，药物化学，药剂学，生药学，药物分析学，微生物与生化药学，药理学，药事管理学，天然药物化学，临床药学，中药化学，中药生物技术，中药药理学，中药药剂学，中药鉴定学，中药分析学，中国炮制学，中药资源学，药物信息学，制药工程。药剂学是国家重点学科，药物化学，药物分析学是省级重点学科。学校设有一级学科药学博士后流动站。1996年经教育部批准，建设国家理科基础科学研究和教学人才培养基地（医药学），1997年开始招收本、硕、博连读学生。2002年经教育部和国家发展计划委员会批准，建立国家生命科学与技术人才培养基地，学制6年。
学校2007年招收硕士研究生440名，博士研究生107名，研究生课程进修班学员近100名，在校各类研究生2000余人（统计时间，2004年9月）。已培养研究生1400余名，为社会培养一批优秀药学人才，其中有4名毕业研究生获得了国家杰出青年科学基金。81级硕士研究生裴钢当选为中国科学院院士。众多毕业生成为知名学者、企业家、政府官员。
学校拥有众多著名专家、学者，有中国工程院院士1名，教授、副教授200余名，一批在科研及教学工作中卓有成效的中青年教师充实了研究生导师队伍，其中博士生指导教师近60名，硕士生指导教师150余名。
学校积极开展国内外学术交流，与美国加利福尼亚大学药学院、明尼苏达大学药学院、英国利物浦约翰穆尔斯大学药学院、日本东京大学、名城大学、香港中文大学、台湾中国医药学院等建立校际关系，进行广泛科技合作，对我校研究生培养起到推动作用。
学校在开展学位与研究生教育过程中，始终把培养质量放在头等重要地位，不断更新教育思想，转变教育观念，积极探索研究生教育改革，探索实践、"宽进严出"的管理、培养方式，建立提前攻博，与科研单位联合培养研究生和聘任外校、科研机构兼职研究生导师制度，优化培养过程，加强课程体系建设，强化创新精神和实际能力的培养。学校把优先发展研究生教育作为"十五"期间的工作重点。学校正认真贯彻"立足国内，适度发展，优化结构，相对集中，推进改革，提高质量"的方针，在不断加强学科建设的基础上，努力将我校建设成高水平的高层次创造性人才培养基地。
基本数据：
博士后流动站 1个
博士专业：19个
硕士专业：26个
本科专业：13个
专科专业：6个
国家级人才基地2个
国家级重点学科1个
国家级试验中心1个
省级重点学科2个
省部级实验室2个
国家级优秀博士论文：1篇
省级优秀博士论文：8篇
SCI论文数（2006年发表）：246篇