药学院是沈阳药科大学历史上最悠久的二级教学管理机构。1932年10月开始招收调剂班学员；1940年将调剂班改为药科班；1948年成立药学专科；1949 年将药剂专科改为药剂系；1958 年正式更名为药学系；2001年4月，在原有药学系的基础上，并入了物理化学教研室、分析化学教研室、仪器测试中心、药物代谢与药物动力学实验室，正式组建药学院。
药学院下设两个系：药剂系和药物分析系，其中：药剂系包括3个教研室（或中心）——药剂教研室、物理化学教研室、药剂教学实验中心；药物分析系包括 5 个教研室（或中心）——药物分析教研室、分析化学教研室、药物代谢与药物动力学实验室、分析化学教学实验中心和仪器测试中心。
经过顾学裘等老一代药学专家的数十年的辛勤建设和发展，我院如今已成为基础坚实、实力雄厚、在国际上有一定影响的药学院。在药物制剂的理论与实践、药物质量控制、药物代谢与药物动力学研究等领域的研究均处于国内领先水平。各类课程均有学科带头人和骨干教师，荟萃着众多的药学专家、教授和学者，具有丰富的教学实践经验和很强的科学研究能力。
药学院拥有国家级重点学科——药剂学科（设有“长江学者”特聘教授岗位）、辽宁省重点学科——药物分析学科；药剂学、药物分析学和分析化学为国家精品课程；药剂专业为国家级一类特色专业、辽宁省高等学校示范性专业；药剂教学实验中心为辽宁省普通高校实验教学示范中心。药学院现有教职员工120人（其中教授23人，副教授36人，教授级高级工程师1人，高级工程师7人，讲师31人，工程师6人），博士生导师22人，硕士生导师36人；有30余人分别担任过国务院学位委员会学科评议组成员、国家自然科学奖科技进步奖评委、卫生部医药科学委员会药学专题委员会委员、国家药典委员会委员、国内外学术团体的领导以及国际性、全国性期刊杂志的正副主编或编委等，在国内享有较高声誉。
在出色完成各层次的教学任务的同时，学院还承担了国家新药研究基金科研项目6项以及国家、省、市下达的其它科研任务100多项，并取得了一系列科研成果，许多项目达到了国际先进水平，填补了国内空白。学院综合办学条件优良，基本设施齐全，能够充分满足教学、科研的需要。学院拥有LC-MS、LC-MS/MS 、600MHz超导核磁共振仪、GC-MS 、红外分光光度计、旋光仪、元素分析仪等从事应用基础研究和新药开发研究的各种大型精密仪器设备。
在长期的办学实践中，药学院以严谨的学风、执着的科学创新精神取得了丰硕的成果，目前已经发展成为多学科、多层次、富有特色的二级学院。药学院现有药学博士后流动站1个，药学一级学科博士学位授权点1个（二级博士学科和硕士学科2个，包括药剂学和药物分析学），化学一级学科硕士学位授权点1个（其中二级学科硕士学位授予点2个，包括物理化学和分析化学）,本科专业2个，含药学国家理科基地班、药学英语班、药学日语班、药学班和药物制剂班，其中，国家理科基地班1996年被国家教委批准为在省属高校中唯一的国家理科基础科学研究和教学人才培训试点班，并于2006年获得国家教育部正式批准。五年制的药学英语班和日语班在国内外也有较大的影响。现全院共有全日制在校生2908人，占全校学生总数的48% ，其中本科生2249人，硕士研究生599人，博士研究生112人。
在对学生的培养过程中，学院始终坚持以德育教育为核心，以学风建设为主线，全面推进素质教育，培养了一大批具有较高综合素质的药学高级人才，近几年有近三分之一的应届毕业生考取了研究生。我院培养的学生以其良好的职业道德、扎实的专业功底和很强的综合能力，深受用人单位的欢迎和好评，其中很多人成绩卓著，成为闻名中外的专家、学者和企事业的领导骨干，并有二人当选为院士。
如今，药学院全体师生肩负着新的历史使命，决心抓住机遇，与时俱进，开拓进取，为建设具有国际先进水平的一流药学院而努力奋斗。