中药学院始建于1985年，其前身是沈阳药学院中药系。学院现设有天然药物化学系和中药系。天然药物化学系下设天然药物化学教研室、食品药学教研室；中药系下设生药学教研室、中药分析与鉴定教研室、药用植物教研室。学院还设有学生实验中心、中药标本馆、药用植物园、福立公司共建分析示范实验室。
学院拥有国家中医药管理局中药化学和中药质量控制两个三级实验室、教育部与辽宁省创新药物研究与设计重点实验室、辽宁省中药现代化工程技术研究中心、中药资源研究与开发重点实验室、辽宁省天然药物提取分离与工业制备工程技术中心。还有沈阳药科大学与日本北海道药科大学共建的中成药分析研究室、沈阳药科大学与韩国东亚大学共建的中韩分子生药学研究室。
学院有药学和中药学两个一级学科博士学位授权点，十个二级学科博士点和药学博士后流动站。天然药物化学、生药学、中药学科都为省级重点学科，其中天然药物化学学科被辽宁省列为冲击国家重点学科的26个学科之一，中药学科为辽宁省重点发展的50个学科之一。天然药物化学被评为国家级精品课，生药学、有机化合物波谱解析、药用植物学被评为省级精品课，中药制剂分析学被评为校级精品课。中药学专业为国家级特色专业。天然药物化学团队为省级优秀教学团队，中药化学实验中心为省级教学示范中心。
学院现有教工68人，其中教师53人。教师中有中国工程院院士1人，教授13人，副教授18人，85%的教师具有博士学位，9%的教师具有硕士学位，其中多名教师正在攻读博士学位。教师中有中国工程院院士、国务院学位委员会药学评议组组长、全国博士后管委会医学专家组组召集人、国家科技部新药研究常务专家委员会委员、国家科技进步奖评委、国家药典委员会委员、国内外著名药学期刊编委多人、教育部新世纪优秀人才支持计划入选者。辽宁省百千万人才工程百人层次6人，千人层次5人。
学院本科专业有：中药学、中药学（日语强化班）、中药资源与开发、药学（食品药学方向）。全日制在校本科生890人，研究生422人，其中硕士生346人，博士生76人。本科生与研究生之比约为2:1。
学院教师实力雄厚，具有丰富的教学经验和很强的科技创新能力，在中药及天然药物活性成分研究领域处于国内外领先水平。先后承担多项国家“攀登计划”、“863”、“973”高新基础科研项目、国家重大科技专项、国家自然科学基金重点项目及省市重点科研项目，并与众多企业合作联合开发新药，近几年获得国家新药证书3项、授权专利8项、获国家级奖励4项、省部级奖励11项、市级奖励14项。
年来，学院继承发扬我校的光荣革命传统，以严谨学风、高尚的师德、执着的创新精神而著称。中药学院全体师生团结一心，努力拼搏，全面落实科学发展观，为把学院建成国内一流，国际有一定影响的中药人才培养基地和中药现代化研究基地而努力奋斗